Компанией управляет Совет директоров, состоящий из десяти человек, главным образом, не связанных с компанией и ее деятельностью (что является общепринятым для компаний, публично продающих свой продукт и акции). Текущие члены совета директоров: Стив Боллмер, Джеймс Кэш Младший, Дина Дюблон, Билл Гейтс, Раймонд Джилмартин, Рид Хастингс, Дэвид Маркардт, Чарльз Носки, Гельмут Пенки, и Джон Ширли. Десять членов правления избираются каждый год на ежегодной встрече акционеров, и те представители, которые не добирают большинство голосов, должны представить свое заявление об отставке правлению, которое впоследствии выберет, принять отставку или нет. В пределах правления существует пять комитетов, которые наблюдают за более определенными направлениями компании. Эти комитеты включают Контрольный Комитет, работа которого направлена на решение бухгалтерских проблем, включая ревизию и отчетность; Комитет по Компенсации, который одобряет компенсации Президенту и другим служащим компании; Комитет по Финансам, который работает с финансовыми делами, такими как предложение слияний компаний и приобретений; Комитет по Управлению и Выдвижению, который работает с различными корпоративными делами, включая назначение правления; и Антимонопольный Комитет, который пытается препятствовать тому, чтобы методы компании нарушали антимонопольные законы.

Существует также несколько других аспектов к корпоративной структуре Microsoft. За международные дела отвечает Исполнительная Команда, состоящая из шестнадцати чиновников компании со всего земного шара, который наделен различными обязанностями, включая разработку бизнес-культуры Microsoft. Среди шестнадцати чиновников Исполнительной Команды Председатель и Главный разработчик структуры системы программного обеспечения, Президент, Генеральный консул и Секретарь, CFO, старший и вице-президенты деловых единиц, президент Европейского представительства, представительств Ближнего Востока и Африки; и главы департаментов Международных Продаж, Маркетинга и Сервиса; Человеческих ресурсов; и Корпоративного Маркетинга. В дополнение к Исполнительной Команде есть также Корпоративный Совет Штата, который работает со всеми главными функциональными департаментами компании, включая одобрение корпоративной политики. Корпоративный Совет состоит из служащих из департамента Корпоративных связей и Законодательства, Финансов, Человеческих ресурсов, Корпоративного Маркетинга, и Стратегии и Политики в Microsoft. Среди других должностных лиц в корпорации также есть президенты и вице-президенты различных подразделений, лидеры маркетинговой секции, и других департаментов и направлений.

Когда компания дебютировала на рынке со своим IPO 13 марта 1986 года, курс акций компании составлял 21 доллар США за акцию. В завершении первого торгового дня, торги закрылись на отметке в 28 доллар США, эквивалентных 9.7 центам, и в последующие дни и годы акции компании росли в цене, что впоследствии привело к тому, что в следующие несколько лет некоторые служащие корпорации Microsoft стали миллионерами. Курс акций достиг максимума в 1999 году - 119 долларов США.

Приблизительно в 2003 году курс акций начал медленный спуск. Несмотря на девятый раскол компании 2 февраля 2003 года и последующее увеличения выплат дивидендов, цена акции Microsoft продолжала падать в течение следующих нескольких лет.

В 2005 году, Microsoft получила оценку 100 % в Корпоративном Индексе Равенства от Кампании Прав Человека, ранжируя компанию, как прогрессивную организацию в сфере политики LGBT (лесбиянки, геи, бисексуалы и транссексуалы). Частично через работу группы служащих геев и лесбиянок в Microsoft (GLEAM), Microsoft добавила гендерную составляющую к своей политике борьбы с дискриминацией в апреле 2005 года, и Кампания Прав Человека пересмотрела Корпоративный Индекс Равенства Microsoft с отметки в 86 % 2004 года к его текущей 100%-ой оценке.